2003年3月，为进一步实现江泽民同志提出的尽快“将资源优势转化为经济优势”宏伟目标，把稀土产业做大做强，自治区稀土办组织，包头市稀土办、包头稀土高新区管委会和稀土企业等相关负责人经过多次讨论，一致认为自治区稀土行业应该成立稀土行业协会，充分发挥社会团体的中介作用，促进内蒙古乃至全国稀土企业的联合和发展。

4月21日，内蒙古自治区稀土办公室同意由包头市稀土办组织有关稀土企事业单位和稀土工作者成立内蒙古自治区稀土行业协会筹备组。

4月23日，按照包头市稀土办发布《关于办理“内蒙古自治区稀土行业协会筹备组”有关事宜的通知》包稀办发 [2003]19号文件精神，成立内蒙古自治区稀土行业协会筹备组，并向自治区发展计划委员会提交申请成立内蒙古自治区稀土行业协会的请示。

5月8日，自治区发展计划委员会以[2003]579号文正式下达同意成立内蒙古自治区稀土行业协会的批复。

12月23日，自治区民政厅《关于核准内蒙古自治区稀土行业协会成立登记的批复》内民政批[2003]70号文，正式同意成立内蒙古自治区稀土行业协会，并核准登记为具有法人资格的社会团体。社团法人登记证书序号：F0605，标识代码：50270259-8，业务主管单位为内蒙古自治区发展和改革委员会。

2013年1月11日，自治区发改委《关于变更内蒙古自治区稀土行业协会主管部门的通知》内发改产业字[2013]244号文，同意内蒙古自治区稀土行业协会主管部门由自治区发展改革委员会变更为自治区经济和信息化委员会。

2013年5月2日，自治区经信委《关于同意变更内蒙古自治区稀土行业协会主管部门的批复》内经信原工字[2013]261号文，同意内蒙古自治区稀土行业协会主管部门由自治区发展改革委员会变更为自治区经济和信息化委员会。

2013年5月14日，自治区民政厅下发《准予行政许可决定书》内民政许准字[2013]第24号，准予业务主管单位由自治区发展和改革委员会变为自治区经济和信息化委员会。

2019年9月12日，根据《内蒙古自治区党委办公厅自治区人民政府办公厅关于印发〈内蒙古自治区行业协会商会与行政机构脱钩试点方案〉的通知》（厅发〔2016〕20号）精神和《内蒙古自治区关于继续推进全区性行业协会商会与行政机关脱钩（第三批）试点工作的实施方案》的通知（内联组字〔2019〕1号）完成脱钩工作。